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PDF変換時に処理の重くなる要素が存在するのかもしれません。GIFファイルやOfficeのパターン塗りは処理コストが高いものですので、そういったものが多数ある場合は変換時間や品質に影響が出る可能性があります。
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Acrobat経由で開くよりも、Word自体で開いてAcrobatメニューを用いる、または印刷メニュー経由でAdobe PDFプリンタードライバーを利用してのPDF生成にしてはどうでしょうか。