動きのある実写映像と比べてシンプルなアニメーションやウェビナー動画などで、ターゲットビットレートよりも実際のビットレートが低くなることは、LongGOPコーデックではごく普通のことです。その点はあまり難しくお考えにならなくても良いのではないかなと思います。
しかしながら、
>映像によってはここはもっと稼いで欲しいなどありまして。
ターゲットビットレートよりもかなり低いレートで書き出されてしまっている状況で、映像に破綻が見られる場合には、エンコーダーの予測が失敗している（エラーではなく、設定された範囲においてのエンコーダーの性能の限界）可能性はあると思います。
2Passではそういったことは起きにくいと思うのですが、もし発生しているとなるとエンコーダーの性能の限界ということになるかと思います。
CBRは、誤解を恐れず申しますと、ターゲットビットレートよりも低めのレートでVBRエンコードしながら、不足分は無意味なデータを詰めて見掛け上一定のレートにするものです。
1Pass VBRは、映像をエンコードしながらシンプルな絵柄の時には低めのレート、複雑な絵柄や動きが大きい部分では高めのレートを割り当てながら、エンコードをしてゆきます。
そのため、冒頭からラストまでシンプルで動きの少ない絵柄の動画の場合には、レートを上げる機会がなく、結果的に低めのレートで出来上がってしまいます。
2Pass VBRでは、一度冒頭からラストまで仮にエンコーディングを行い、どのシーンにどの程度ビットレートを割り当てるべきか下調べを行い、2回目に実際のエンコードを行います。その結果、ターゲットビットレートに対する実際のレートの誤差が、1Passよりも少なくなります。
しかし、とてもシンプルな動画の場合には、それでもターゲットビットレートを下回る（それ以上ビットレートをあげても画質に寄与しないので）ことはあります。
これらの動作は、エンコーダーによって変わってきますので、例えばWindows環境でGPUによるハードウェアエンコードを行うと、CBRなのに指定より大幅に低いレートで書き出されるものの、ソフトウェアエンコードではわりと正確なレートで出てくるといった差が生じます。
カラーバーのようにとてもエントロピーが低い素材では、1Pass VBRも2Pass VBRもどちらも指定したレートを下回って書き出されたりします。
私の経験上、指定したレートを大幅に下回ることはあっても大幅に上回るケースはほとんど無いように思います。
一番重要なポイントは、
>ビットレートみたないですよと注意喚起が表示されるなど（笑）
ビットレートが指定した値に満たないことで発生している問題が、どのようなものかということかと思います。
差し支えございませんでしたら、ビットレートが指定値に満たないことによってどのような問題が発生しているかをお書き添えいただけましたら、何か解決に繋がりそうな情報があるかもしれません。
ちなみに余談ですが、アドビ製品でのH.264・H.265エンコーディングは、ハードウェアエンコーディングの場合はお使いのパソコンに搭載されているエンコーダーを、ソフトウェアエンコーディングの場合はMAINCONCEPT社のエンコーダーを使用しているかと思います。
ご参考URL
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