ワークフローや最終仕上げの仕様にもよりますので、「この設定が間違いなし！」というものは、残念ながらありません。一応、EOSのFullHD 29.97p素材に向いたプリセットとして「Digital SLR」-「1080p」-「DSLR 1080p30」があります（後述するプレビュー形式が変更できないので、私にはあまり使い勝手が良くないです）。
フレームサイズとフレームレートは、撮影時の設定を維持した方が品質の面で無難ですが、例外もあります。テレビ視聴（放送に限らず、Blu-ray書き出しなども）の用途で、バラエティ番組のような速い動きのエンドロールを入れる場合には、29.97pの撮影素材がメインでも59.94iのタイムラインで作業しないとダメなこともあります。
特にこだわりがなければ、プロジェクトウィンドウ上のMOVファイル（クリップ）を同ウィンドウ右下の「新規項目」にドラッグ＆ドロップしてできるシーケンスや、150kwさんのご回答にある方法で大きな支障は無いと思います。
「ビデオプレビュー」のファイル形式に「IフレームのみのMPEG」がありますが、これはあまり綺麗なコーデックではありません。色補正や加工した部分をプレビュー用にレンダリングした際に、品質に満足できないかもしれません。
FHD 29.97p素材ですと、例えばシーケンスのプリセットから「DNxHD」-「1080p29.97」-「DNX HQX 1080p 29.97」を選び、シーケンス設定で「最大ビット数」と「最高レンダリング品質」にチェックを入れておきますと、シーケンス上で色補正や加工した部分をレンダリングした際に高い品質で確認できるようになります。そのぶん、プレビューファイルのサイズも大きくなります。
DNX SQを選びますと、少しプレビューファイルが小さくなります。テレビ番組程度の品質で差し支えなければ、更にプレビューファイルが小さい「XDCAM HD422 1080p30」が扱いやすいかもしれません。
これらはあくまで「プレビューの品質」についてですので、最終書き出しの品質は「書き出し設定」の内容が重要になってきます。
別の考え方としては、納品形式（例えばXDCAM HD 422 1080i30）とタイムラインの設定を合致させておき、最終書き出し時にプレビューファイルを使用する設定にすることで、ファイル出力時間の短縮に努めるような使い方もあります。
ちなみに、シーケンス設定の「リニアカラーで合成」は、ONにすると半透明な素材を重ねたときなど自然なトーンで合成ができるのですが、テロップなどのディゾルブで変化の度合いに違和感が出ることもあるので、ケースバイケースです。
>現在の設定はわかりにくいのでアップデートに期待するしかなさそうですね。
技術的には、コンテナ、コーデック、フレームサイズ・レートなど膨大な組み合わせがあり、劇場映画から子供の運動会の思い出ビデオまで様々な用途がある現状では、設定の選択肢が多くなってしまうのはやむを得ないかなと思っています。
私は、Premiereは他の編集ソフトと比較しましてもかなりわかりやすい方だと思います。わかりにくく感じている部分を詳しくご質問いただければ、皆さん回答しやすいと思います。また、要望の報告フォームもありますので、併せてご利用いただくと良いかと思います。
製品への要望 / 不具合報告 フォーム
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