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もう少し詳しい状況をお教えいただけるとありがたいのですが、シーケンス上の後半の方は映像のタイミングもズレている、といったことはございませんでしょうか。
本来あってはならないことなのですが、「書き出したファイルで元のファイルが上書きされている」可能性がありそうで、その場合、
>映像は尺を編集しているので
ということから、編集点を境にタイミングがずれる症状も出てくるようになります。
また、書き出しを行われた際、こちらの画像のような警告は出ませんでしたでしょうか。
素材として使用しているファイルと同じ名前で書き出ししようとした際、自動的にファイル名の後ろに「_1」がつくのですが、それを削除したり、元々異なるフォルダで書き出し画面が開いているときに素材と同じフォルダに書き出し先を変更して書き出そうとした際に出てくるメッセージです。
ただ、ここで「置換」を押下しても、下記画像のようなエラーメッセージが出て、実際には書き出しが行われない仕様にはなっています。
しかしながら、過去には上書きが行われて素材ファイルを失ってしまうといった事例もありましたので、特定の条件で発生する不具合といった可能性も捨てきれないと思っております。
もし、この上書きが行われてしまっていた場合ですが、元のファイルのバックアップがありましたら、Premiere Proをいったん閉じていただき、書き出されたファイルをリネームしたうえで（削除でも良いのですが、万が一のため残しておくという意図です）、元のファイルをコピーして戻すことで、元に戻ると思います。
この場合、
>映像は尺を編集しているので大元データとは入れ替えたくありません。
こちらのご心配は不要でして、ファイルを戻すだけで書き出し前の状態になると思います。
お書きいただいた内容から正確な状況を推測するのは難しく、全然違う現象が起きているかもしれないので、何かお試しになる場合には「削除」や「上書き」といった操作を避けて別名で保存といった方法をとっていただくことをおすすめいたします。
こんにちは、ZenPR_5410 さん
まず、OSとそのバージョンを教えていただけますか。
＞元データを置き換えるにも、映像は尺を編集しているので大元データとは入れ替えたくありません。
そのようになった原因は分かりませんが、
マッチフレーム機能を使用すると、尺を編集（インポイント・アウトポイントを設定）してあっても、容易に置き換えることができます。
①対象のクリップの上へ再生ヘッドを移動し、「X（クリップをマーク）」キーを押します。すると、シーケンスのクリップの両端と同じ位置にインポイントとアウトポイントが設定されます。
②「F（マッチフレーム）」キーを押すか、または「プログラムモニター」で対象の素材をダブルクリックすると、「ソースモニター」に対象の素材がインポイントとアウトポイントが設定された状態で表示されます。
③シーケンスを選択し、「↑（前の編集点へ移動）」キーを押します。すると、再生ヘッドがクリップのインポイント（左端）へ移動します。これは、⑤で「ソースモニター」から上書きを行う際上書き開始ポイントを指定するためです。
④「挿入や上書きを行うソースのパッチ」の対象のトラックの「V1」と「A1」ボタンをオンにします。これは、⑤で「ソースモニター」から上書き先トラックを「V1」と「A1」に指定するためです。
⑤「．（上書き）」キーを押すか、「ソースモニター」の「上書き」ボタンをクリックします。
⑥インポイントとアウトポイントが設定された映像＆音声クリップがV1とA1トラックの再生ヘッド位置から上書き配置され、再生ヘッドはクリップのアウトポイントに移動します。これで置き換えできます。
⑦置き換えるクリップが他にある場合は、上記操作を繰り返します。操作に慣れれば意外と速くできるのではないでしょうか。
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