もしかすると既に解決策をとられているかもしれませんが、返信してみます。
（※おそらくグローバル版にご投稿されて、こちらの日本語版フォーラムへ移動されるまでに時間がかかってしまったのではないかと思いますので、今後はこちらの日本語フォーラムにご投稿いただけますと、スムーズに日本語での返信が付きやすくなるかと思います。）
>動画の一部分が、タイムライン上での再生と書き出し後の再生でカクカクしたり、静止画のようになってしまいます。
「動画」（MP4やMOVなどの素材ファイルのことを指すと仮定します）に問題が生じているとのことですので、まずは「その動画素材自体の問題」か否かを切り分ける必要があると思います。
差し支えの無い範囲で、その「動画」について詳しくお書きいただくと、より的確な返信が付きやすくなると思います。
（こちらのリンクもご参照ください。 【質問テンプレート】コピペして使ってください☺︎ - Adobe Support Community - 11369772 ）
その動画をPremiere Pro以外のソフトで再生して問題が起きるか否かと、Premiere Proに読み込んで再生した時点で問題が生じていたのか、あるいは編集を進めてエフェクトなど加工をしているうちにおかしくなったのかといったことで、切り分けができると思います。
もし、その「動画」がパソコンの画面録画やプレゼンテーションソフトから書き出しした動画など「可変フレームレート(VFR)」の素材でしたら、それが原因である可能性が出てきます。もしその可能性が高いようでしたら、今回は納期まで時間が無いようですので、取り急ぎ原因究明は後回しにして「HandBrake」や「Shutter Encoder」などのファイル変換ソフトで変換してから読み込んでみるというのも一つの方法かと思います。
他のプロジェクトでは問題が起きていないという点から、素材の問題である可能性が高いと推測していますが、可能性はあまり高くは無いもののプロジェクトファイルの破損も可能性としてはゼロでは無いかもしれません。
いずれにしましても、問題が起きている「動画」について調べるところから始めてゆくと良いのではないかなと思います。
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