H.264ではなくQuickTimeであればオーディオトラックの問題は起きないはずなので、ProResでエラーが出ている時点で何かがおかしいですね。
今、macOS 10.14.4のPremiere Pro CC 12.1.2にて、XDCAM HD 422のデッキ収録MXF素材(音声8ch, XDCAMディスクからHDDにコピー済み)をメディアブラウザーからインジェスト(「プロキシを作成」に設定し、プリセットは1280x720 Apple ProRes 422 (proxy)を使用)しましたが、エラー表示が出ることなく、問題なくプロキシが使用できます。
手元にFS5の素材がないので同じ条件での検証ができないのですが、お書きいただいたエラーメッセージをよく読んでみますと、生成されたプロキシファイルの音声トラックに問題があるような雰囲気ですね。プロキシファイル(元のファイル名_Proxy.mov)の音声トラックも、4つのモノラルトラックになっていますでしょうか。
それともう一つ気になったのですが、冒頭で
>インジェスト設定でプロキシを作成し、プロキシを追加すると
とお書きになってますが、プロキシを手動で作成した後に、更に手動で追加する操作を行われているのでしょうか。もしそうでしたら、プロキシ作成の手順が違うことによってエラーが出ているのかもしれません。
私が試した方法ですと、インジェストすると自動的にMediaEncoderが立ち上がってプロキシのエンコードが始まり、エンコードが終わると自動的にプロキシが読み込まれ、「プロキシの切り替え」ボタンで切り替えできるようになります。