基礎的質問

少し違った視点での返信ですが……

1点目について

ハイパーラプス（タイムラプス）の静止画を動画化する場合は、画像シーケンスとして読み込むのが楽だと思います。

https://helpx.adobe.com/jp/premiere-pro/using/importing-still-images.html#import_numbered_still_image_sequences_as_video_clips

ハイパーラプスなので撮影時にカメラを動かしているのだと思いますが、ワープスタビライザーによってパンの動きなどを過度にスタビライズされている可能性があるように思います。

２点目について

あくまで推測になってしまいますが、シーケンス設定のフレームサイズが適切ではない可能性があるように思います。たとえば、ハイパーラプス以外の動画素材が1920x1080の16:9であるのに対し、シーケンスの画面比率が3:2（主に静止画で使われる比率）や4:3になってしまっているというような可能性もありそうです。

意図的にシーケンスの縦横比をほかの動画とは異なる比率になさっている場合に、ハイパーラプスの映像もその比率に合わせたい場合には、シーケンスの映像トラックの一番上に「調整レイヤー」を配置し、「クロップ」エフェクトを使用して上下を切る方法もあります。

３について

素材を読み込む際、メディアブラウザーのパネルで「インジェスト」にチェックを入れていませんでしょうか。

こんにちは、Rcky’jaaさん

最初にOSとそのバージョン（例；Windows 10（v1909）等）、Premiere Proのバージョン（例；v14.0等）を教えてください。

◆１点目
＞速度・デュレーションで0.01秒に変更後
0.01秒後とは下図赤枠部のように設定したということでしょうか。
その場合、シーケンス設定を29.97fpsにした場合は、「0.01秒」ではなく「１フレーム」になります。

全てのjpg画像のデュレーションを１フレームにするには、メニューの「編集」→「環境設定」→「タイムライン」を選択し、開いた「環境設定」ウィンドウで「静止画像のデフォルトデュレーション」を「１フレーム」に設定します（下図赤枠部）。設定後、jpg画像を読み込み、続いて、読み込んだjpg画像をビデオトラックに配置すると、デュレーションが「１フレーム」になります。
「プロジェクト」パネルで、対象の画像を全て選択後、ビデオトラックにドラッグ＆ドロップすれば一括で配置できます。

＞下と右側に黒い隙間が毎回できてしまいます。

「エフェクトコントロール」パネルの「ワープスタビライザー」項の「フレーム」が「スタビライズのみ」に設定されていませんか。
その場合は、「スタビライズ、切り欠き、自動スケール」を設定してみてください。たぶん直ると思います。

◆２点目

＞その際に普通の動画ではある上下の余白がハイパーラプス時のみ消えてしまいます。改善方法を教えてください。

ネストして一括でワープスタビライザーをかけているのですよね。従って、普通の動画にもワープスタビライザーがかかってしまい、映像がが拡大されますので、上下の余白が消えます。

普通の動画には上下の余白をつけたまま（元のサイズのまま）にしたいということでしょうか。

その場合は、

普通の動画は、最初から「ビデオトラック」には配置せず、ネストしたシーケンスでワープスタビライザーをかけた後、普通の動画を挿入したらいかがでしょうか。

挿入は次のようにして簡単にできます。

①「タイムライン」パネルで、普通の動画を挿入する位置へ再生ヘッドを移動します。

②「タイムライン」パネルで、「挿入や上書きを行うソースのパッチ」ボタン（V1）を、対象のビデオトラックの上でクリックし、青くします。

③「プロジェクト」パネルで普通の動画アセットを「ソースモニター」へドラッグ＆ドロップするか、または普通の動画アセット名前の左側にあるアイコンをダブルクリックします。

すると、「ソースモニター」に普通の動画が表示されます。

④「ソースモニター」の「インサート」ボタンをクリックします。

すると、ビデオトラックの再生ヘッドがある位置でクリップが切断され、普通の動画が挿入されます。

◆３点目

＞propjのファイルを保存しているファイルがあるのですが、

これは、プロジェクトで使用する映像素材ファイル等を保存してあるフォルダーのことですよね。

推定ですが、メニューの「ファイル」→「プロジェクトマネージャー」を選択して、プロジェクトファイルを保存していませんか。

***For item #1, it sounds like you want to enable Ripple Edit, Shifting Trailing Clips in the Speed/Duration dialog box.

***For item #2, it sounds like you want to adjust the Scale property such that the picture fits your Sequence Frame Size as desired.  Once you've done this for one image, you can use Copy & Paste Attributes... (Edit > Copy; Edit > Paste Attributes...) to quickly set all of your images to the same Scale.

***For item #3, your Source Footage is always linked to your Project file.  As such, you want to create a folder structure for organizing your work for each of your projects.  Based on how you're working, you probaby want to create a folder for your Timelapse work and then keep your Premiere Pro Project File and your Source Footage inside that folder.