AEとのリンク

>AEとのリンクがされているこの時のクリップを

>再度（アフターエフェクトコンポジションに置き換え）をクリックしたところ

>ファイルが見つかりませんとなり編集が出来なくってしまいます。

リンクが外れてオフラインになっているクリップをAfter Effectsコンポジションに置き換えようとなさっている状況なので、そのようなメッセージが出ているのだと思います。

おそらく、再リンクが必要な状況かと思いますので、該当するクリップを右クリックして「メディアをリンク」を選んでいただき、リンクする気After Effectsプロジェクトファイルを選択していただくといかがでしょうか。

私自身は最近Mac環境での編集を行なっていないので断言はできませんが、頻繁にリンクが外れてしまうのは正常ではない気もいたします。

「素材データ」と「作成するデータ」で分けているHDDのうち、「作成するデータ」というものがPremiere Proから書き出す完成品ということでしたら特に問題はない使い方なのでそこが原因ではないと思うものの、どこか他のところに問題の原因があるのかもしれません。