>謎に画像がストレッチする動きがついており、そこが1番の疑問ではありました。
この点は実際の映像を見てみないとなんとも言えないところで、解像度の低下（おそらく、かなりガタガタになっているのではないかと思います。）のせいで29.97fpsの動きのギクシャク感が視覚的に目立ってしまったのか、実際に不適切な処理が行われているのか調べる必要があると思います。
書き出したファイルをPremiere Proに読み込んでコマ送りして、動きが変になっていないか確認していただくと良いのではないかと思います。
締め切りが目前とのことですので、できるだけ手間を省けるように考えてみますと、まずは現状の1280x960 29.97fpsで編集なさった完成作品をそのままのサイズで20Mbps程度のMP4（H.264）に「最高レンダリング品質」をONにして書き出すところから始めていただくと良いのではないかと思います。
このファイルがパソコン上でキレイに再生できれば、このファイルを「完成原版」として扱い、このファイルをキレイにDVDに焼くこと（前回の返信の手順2以降）に注力すると良いと思います。
もしこのファイルも動きがおかしくなってしまうようでしたら、お書きいただいているように別のMacでCCを使うなど、別の方法を探る必要が出てきますね。
お時間があればいろいろお試しいただくと得られるものも多いと思うのですが、
>また、写真について現在は解像度400ではあるものの、サイズとしては大きな高画質なものを使っており、プレミアプロでスケールを小さくして使用しています。こちらも、Lightroomで画質を落としてサイズを小さくして試してみようと思います。
この作業は、編集のし直しを伴い時間がかかる上効果が薄いでの、今回省いても良いと思います。Premiere Proで「最高レンダリング品質」をONにして書き出していただくことで、縮小の品質は十分保たれます。きちんと説明すると大変なので詳細は省きますが、1280x960のキレイな原版を縮小してDVDに焼く時に少し上下方向にボカすことで、チラつきを防ぐことができます。
なお、解像度400は400dpiのことかと思うのですが、dpi（1インチあたりのドット数）は、印刷物のようにサイズ（mやインチなど縦横の長さ）が固定される場合には重要な数字ですが、再生画面のサイズが固定されない映像の世界では全く意味をなさない数字でして、動画を扱う現場では横縦のピクセル数が重要なので、6000×4000ピクセルといったような横縦のピクセル数で表すと良いと思います。
最後にOSやPremiere Proのバージョンですが、CS6 Mac版はOS10.9までの対応なので、El Capitan（OS10.11）は対応していないOSということになります。
旧バージョンの対応 OS： Premiere Pro
また、最新のAdobe CCにはDVD Videoを焼く機能がついていない点にも注意が必要かと思います。
El Capitan上のPremiere Pro CS6では動きがおかしくなる問題が解消できなかった場合、別のMacBook ProにインストールしたPremiere Pro CCにて編集（DVDのみしか作成しない場合は初めから720x480で編集した方が楽だと思います）してDVD用のMPEG2に書き出し、El CapitanのMacにそれをコピーしてEncore CS6で焼く、という流れになるかと思います。
しかしながら、Encore CS6もEl Capitanは対応外なので、何かしら不具合が出る可能性はあり得るとは思います。
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