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返信
状況のご返信、ありがとうございました。
>(提案いただいた「レンダリングファイルを削除」は「レンダリング前に戻す」だと解釈したのですが、理解が誤っていたらご指摘いただけますと幸いです)
こちら、「シーケンス」メニューの「レンダリングファイルを削除」のことを指しておりました。
症状の出方から、デコード・エンコードよりもレンダリング時の不具合の可能性が高いと考えておりました。そして、
>プレビュー段階でも一部発生することがある
とのことでしたので、もしタイムラインをレンダリング（オーディオも含め）していた場合、レンダリングファイルを削除して再生・書き出ししていただくことで、原因の切り分けができると考えました。
（ただし、MOVからMP4への差し替えの時点でレンダリングファイルが無効になるので、差し替え後も症状が持続している点から「的外れになるかもしれない」と書いた次第です。）
>逆にクリップを「レンダリングして置き換え」したところ、音の飛ぶ箇所がプレビュー上でも一致して飛ぶ・無音になりました
というご検証結果から、やはりおっしゃる通りオーディオのレンダリング時に問題が生じている可能性が高いと思います。
また、サブPCでも同様の問題が生じているとのことですので、素材の仕様（VFRがらみやサンプリングレートがシーケンス設定と異なるなど）も影響しているかもしれないように思います。
>今回のプロジェクトファイルは25.4.1環境で作成を始めたため、ダウングレードしても開けないかと思います
>もし開く方法があればご教示いただけますと幸いです
基本的に、同じメジャーバージョン同士（バージョン番号の整数部分が同じ）でしたら、プロジェクトファイルの互換性があります（ご参考URL Premiere Pro の更新のベストプラクティス ）。
Ver. 25.4.1で作成したプロジェクトをVer. 25.2.3で開くことは可能です。
ただし、新しい方のバージョンのみに搭載された機能を使用している場合には、それらはうまく機能しませんので、その点には注意が必要です。
今回は、あくまでも「原因の切り分け」のため、お試しいただくとどうかなと思った次第です。
（機能に問題がなく、かつ今回のトラブルが発生しなければ、一時的な回避法としてもお使いいただけるかと思います。）
ちなみに、私自身でも試してみようと思い、自宅の環境（Windows 11 Pro 24H2, i9-14900K, RTX4070, RAM64GB）の方でVer 25.4.1を使用して3分と5分の2作品（整音・MIXもPremiere Pro内で作業）をいま完パケにしたところなのですが、同様の症状が出ることはなく大きな問題はなく完成しまして、原因をつかめていないところでした。
※作業中、Premiere Proが固まって復帰しなかったり、プチフリーズすることはありました……。最近あまり使っていなかったパソコンなので、Premiere Proのアップデートが原因なのか、手元環境固有の問題なのかは不明です。
状況のご返信、ありがとうございました。
テロップなどがズレるという点で心配はございますものの、ひとまず回避策が見つかったようで何よりです。
XMLを介する（ご参考URL: プロジェクトの下位互換性について説明します。 ）ことで、プロジェクトファイル中のエラーの原因となる「何か」との縁切りができたようですね。
もしかすると、バージョンや素材などは関係なく、偶発的にプロジェクトファイル（またはプロジェクト内のシーケンスのデータ）が破損した可能性もあるのではないかなと思います。
今後再発しないことを願うばかりです。
ちなみに余談ですが、Ver. 25.3.x以下のバージョンで読み込んでもダメだった場合には、『新規プロジェクトを作成して、「ファイル」メニューの「読み込み(I)...」から、問題が起きるプロジェクトのシーケンスだけを読み込む』方法を返信するつもりでおりました。
プロジェクトファイルに何らかの破損が生じた際に、改善の可能性がある方法です。
それでダメであれば、新しいプロジェクトで新しいシーケンス（設定は問題が起きているシーケンスと待ったう同じにして）に対して、問題が起きているシーケンスの中身を丸ごとコピペで移行する方法も試す価値があるかなと思っておりました。
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