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おそらくWMV内部のストリームIDの順番を変えたいということになるのだと思うのですが、Premiere Proの書き出し設定でそのような項目は無さそうです。
私も時折サイネージ向けなどにWMVを書き出す機会はあるのですが、ストリーム順について指定されたことはなく、スマートな方法は残念ながら思いつきません……。
状況によると思うのですが、納品先に普段どのように変換しているか聞いてみるのも一つの方法かと思います。
Microsoft純正のWindows Media Encoderはだいぶ前にサポートが終了している雰囲気なので、サードパーティの変換ソフトをあたることになるのではないかと思います。
ビデオストリームをオーディオストリームより若いIDにしなければならないと納品先から指定された場合にはそれが原因、ということになると思うのですが、ビットレートやフレームレート、コーデックが影響している可能性もありうると思いますので、可能であれば再生する機器の仕様書などで詳細を確認していただくとスムーズに検証できあるのではないかと思います。