実際になにが起きているのかを知るにはPDFをの内部構造の精査が必要で、Illustratorの問題よりPDFの状態に問題がある可能性は高いのではないかと思いますが現物を見ないことには判断は出来ません。 もとより、assauseさんの指摘のとおりPDFをIllustratorで開く行為自体は完全に保証されたものではないです。PDFの書き方によってはIllustratorが認識できない状態になることもあります。Illustratorが正常に読み込めないのであればAcrobatから部分編集をかけるような処理に切り替える必要があるでしょう。 いずれにしろ、編集データとしてPDFを利用する場合は相応のリスクがあることを念頭に対処が必要です。
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