finderからプロジェクト名を変更してしまった

お書きいただいたような状況の場合、素材のファイル名を元に戻す（リネーム前のフルバックアップがあれば、別のストレージを用意してリネーム前の素材と完成したプロジェクトファイルをそちらにコピーして開くなど）ほかは、お書きいただいている通り「フッテージの置き換え」を行うか「メディアをリンク」でリンクしなおす（クリップ名は元のまま）といった手間のかかる作業がどうしても発生してしまいます。

「メディアをリンク」では、「ファイルプロパティをマッチング」という設定項目で「ファイル名」を外して検索することもできるはずではありますが、正しく機能するかは実際にその環境で試してみないと分からないことと、「今日提出」という緊急的な状況を踏まえますと、誤リンクの危険を減らすためにも一つ一つ確認しながら現状のやり方で進めていただいた方が安全かもしれないように思います。