編集中の動画素材参照元のファイル名を書き出し前に変更してしまった。

最初の返信で書きました

>複数のファイルが不明になっている場合でも、同じフォルダ内のものでしたらひとつだけこの操作をしていただくことで、他のファイルも自動的にリンクがかかります。

という動作の件ですが、これはご質問に書かれていました

>Finderに保管してある、
>編集中の素材フォルダ名を変更してしまいました。

という状況に対してのものでございます。

使用している素材のファイル名はそのままで、保存しているフォルダの名前を変更してしまった（ファイルの保存場所が変更された）場合、After Effectsは素材の在処が分からなくなってしまい「オフライン」の状態になってしまいます。

複数のファイルがオフラインの状態で「フッテージの置き換え」でひとつのファイルの在処をAfter Effectsに教えてやると、同じフォルダ内にある「ファイルの名前」を調べて、他にオフラインになっているファイルがそこにあった場合には自動的にリンクがかかります。

そして、最初の返信の2枚目に貼りました画像のように、After Effectsから「○個の不明だったファイルが見つかりました」というメッセージが表示されます。

今回新たにご質問いただいた

>”あああ”レイヤーを”ううう”レイヤーに変えてしまった

>”いいい”レイヤーを”えええ”レイヤーに変えてしまった。

というケースは、「フォルダ名を変更したことで保存場所が変わってしまった」ケースとは異なり、ファイル名が変わってしまった状況ですね。

その場合も、フッテージの置き換えでひとつだけファイルをリンクさせた際に、After Effectsは同じフォルダ内にあるファイルの名前を調べて他に不明になったファイルを探すのですが、その手がかりになるファイル名が変わってしまっているので、見つけることができません。

ですので、ファイル名を変えてしまった場合にはひとつひとつ手作業でリンクをかける（フッテージを置き換えする）必要がございます。

使用しているファイルの名前を変更することはあまり無いと思いますので、現実的にはこの仕様が問題になることはほとんど無いのではないかな、と、思います。