書き出し時、 別カット混入・画面黒転およびMedia Encoder/Premiereでの停止について

私が書き出しエラーを防ぐために行うことは、書き出しの前にパソコンを再起動すること、ちょっと挙動に怪しさを感じたときにはメディアキャッシュの全削除を行う（素材量が膨大な場合には再生成に時間がかかるので要注意）、そしてMediaEncoderではなくPremiereから書き出す、という感じです。

お書きいただいた内容から、Media Encoderで意図しないフレームの置き換えが行われていることと、Premiereからの書き出しでは途中で止まるという点から、素材のデコードがうまくいってない可能性も考えられそうです。

映像がおかしくなるポイントで使っている素材の種類や、乱れる映像の内容も気になるところではあります。カメラ素材のみ乱れるのか、テロップなども含めて乱れるのかといったことが、原因の切り分けにつながると思います。

動画の素材のみ乱れるといった場合には、直るかどうかは試してみないとわからないところではありますが、もし私が同じ状況になった場合には、メディアキャッシュの削除と、ハードウェアデコードを無効にして試してみます（書き出しは、Premiereで行います）。

メディアキャッシュファイルの手動での削除

※メモの欄もご参照ください。今回のようなケースでは、Premiereを閉じた状態で行う必要があります。

3時間もの長尺ですと、書き出しを試すのも時間がかかって大変だと思いますので

• Media Encoderの書き出しで映像が乱れたポイントを含めて2,3分程度の区間にイン点とアウト点を打ってそこだけ書き出しても問題が出るか確認。
• （上記で問題が出た場合）ハードウェアによる高速処理デコードのチェックを外してPremiereを再起動し、改めて上記と同じ区間をPremiereで書き出して問題が出るか否か確認。
• （上記で問題が出た場合）Premiereを終了し、メディアキャッシュを全削除してから改めて上記区間をPremiereで書き出し。
• （上記でダメなら）書き出しの形式を変更（QuickTimeのApple ProRes 422HQなど）して、上記区間をPremiereで書き出しててみる。

といった感じで試していただくのも、一つの方法かと思います。