Acrobat DCの比較機能は、印刷物をスキャンしたようなPDFにも使えますか？

比較機能そのものはスキャンしたものに対しても有効です。

設定画面において、どのように比較させるのかを設定する項目も用意されています。

（下記はDC 2017 continiousの設定画面）

傾きやノイズについては、DCのスキャン補正機能を使って事前に補正も可能ですが、

自動補正になるので、確実にチェックすることができるかというと難しいところです。

そこは場合によってはPhotoshopも併用するなどを行われたほうがいいかもしれません。