Acrobat Pro（cc2022）でPDF編集時に選択ができない。

自分なら…と考えてみました
ゴールはX-1A基準のPDFになれば良しで
現在の問題は
A:色問題
B:トンボ問題

原稿イジらない前提なら…
（私の場合原稿イジらない系の事が多いので）
問題のPDFをアクロバットで開いて
(私はMacな人なので、実際は別な方法でPS吐きます)
書き出しから
ポストスクリプトで書き出し
PS書き出しの設定で
コンポジット
この時点でトンボ付けても良し
カラーでJCコートか何かのCMYK系付与してPS吐き出します

吐き出したPSを
ディスティラでPDFa-1B（CMYK）等のCMYK系の
(ここでX1a系の設定はトンボ問題でエラーになる『はず』）
設定でPDF化します
-->ここで色は全てCMYKになる『はず』
-->ここでエラーになるとちょっとまた別の話かなぁ…汗
なので依頼者が別ならこの時点で
色味の確認を依頼者にして
『色変わりますよ…的に確認とります』

色確認OKなら
アクロバット
PDF/Aの編集を有効で開き直せば
-->ここまでくれば色の置換できると思いますが…どうでしょう？
色の置換終わったら
印刷工程のPDF/Xとして保存から
設定で
X-1A
JCコートでフィックスアップ入れて別名で保存

フィックスアップ済みのPDFを開いて
色の置換の確認して
印刷工程からページボックスを設定で
ひとまわり大きいサイズにページサイズ変更でトンボ確認
トンボは入っている『はず』

入稿はページサイズ変更前の物で大丈夫でかな…と

どうでしょう
参考まで

べき論はもうそのとおりなのでアレですが，トンボが付かないのはページボックスで仕上がりと裁ち落としがきちんと設定されていないからという気がします。オブジェクト等の選択ができないのはPowerPointからPDF化したときに謎のマスクがかかってしまうからかもしれません。（「色を置換」できない理由は想像できません）

PowerPointをPDFにした場合、かなり複雑なアートワークになってしまうことがあるので、この点が編集を難しくしてしまうところです。

またPDF/X-1aにする場合、PowerPointから直接、Adobe PDFタブまたはAdobe PDFプリンタードライバー経由で生成されたほうが適切な状態といえますので、できればPDF作成者のほうにそれを依頼できるかどうか、という点になるところです。

トンボを付与することも、ある程度目的を明確にした方が良いかもしれません。

仕上がりぴったりに生成されたものだといずれにしても印刷時の断裁は厳しいので、面付時に調整するくらいしかないように思いますし、その際に必ずしもトンボが必要かどうかという点も出てきます。

この辺りは出力側への確認もされたほうがよさそうには思います。

OfficeデータはそもそもPDF/X-1aに変換するのは難しいです。
InDesignやIllustratorをお持ちでしたら、PDFをドキュメントに配置し、PDF/x-1aで書き出す方が安全だと思います（それでも正しく変換できるかどうかは不安ですが…）。

また、どうしても印刷データにしたい、というのであれば、PowerPointからのPDFをIllustratorで開き、オブジェクトを一つ一つ作業で変換・印刷データとして望ましい設定に修正し、IllustratorからPDFを書き出します。

その際、オブジェクトの一つ一つまで細かく確認し、意図しない変換結果になっている箇所は変換したデータとIllustratorの機能を使って、修復（再現）してください。