Acrobat Standard 2020　テキスト認識後の認識されたテキストを修正で起きる文字化けについて

まずは以下のページをご確認ください。
https://helpx.adobe.com/jp/acrobat/using/scan-documents-pdf.html?mv=product&mv2=acrobat#

日本語OCR機能の難しい所は似たような形状のグリフを多数認識させる必要があるところです。元々最適化されていますので、誤認識として修正するとかえってひどい状態になる場合も多く対処の難しい所で、結局はデフォルトの設定が一番状態が良かったということは良くあります。
元のスキャンの精度等も関係しますので、まずは対象画像の調整を行いOCRはデフォルトで行うぐらいが使いやすいかもしれません。