Adobe Acrobat X Standard 　電子署名の質問です。

合同会社設立のため電子署名を行ったのですが、期限切れの電子署名がされていると法務局から指摘されました。

行政書士としてセコムで電子証明書を発行しており、1度期限が切れていたのですが、このたび新しく電子証明書を発行して電話サポートを使って設定をいたしました。

新しい電子証明書で電子署名をするにはどこの設定を変更しなければならないでしょうか。ご教示お願いいたします。