Adobe PDF Converter 勝手にマイドキュメントに保存をされてしまう

Adobe PDFプリンタードライバーの場合、保存先設定自体は2か所で、

まずは印刷設定としての保存先フォルダー設定で、そこが優先はされるようになっていますから、

本来はその設定が「Adobe PDFの保存先を確認」であれば保存先ダイアログが開くはずです。

それが開かないとしたら内部的におかしくなっているという可能性を踏まえることになるので、

当方であれば下記を考慮します。

• 設定を一時的に別のものに変えたり追加変更したうえで元に戻す
• 一般的なトラブルシューティングのチェック
  おかしいなと思ったら（Acrobat XI）
• Acrobat自体のクリーンナップを含む再インストール
  Acrobatに関連するフォルダを全て削除し再インストールする方法（Windows7以上）

なおAcrobat XIとのことですが、そのバージョンは10/15にゴールドサポート終了ですから、

セキュリティ面を考慮した場合はサブスクリプション版DCか永続版2017への移行をおすすめします。