Excelからpdfへ変更する際､いくつかの文字が変化してしまう(縦文字→横文字等)

もともとのWMF/EMF内に使用されているフォントが同じPC内に入っていなかったり、

または同じフォントとして認識できないためではないでしょうか。

その場合は代替フォントなどが使われることになるので、結果として意図しない状態になる可能性があるためです。

できればAutoCADまで戻り、フォントの素性などを確認したほうが良いと思いますし、

メタファイル以外の形式で配置するなどを考慮したほうが良いような気がします。