InDesignでファイルのopenのボタンを作成したPDFがあります。

PDFを開くアプリケーションはAcrobatでしょうか？

Acrobatでしたら、Acrobatの環境設定＞セキュリティ（拡張）で拡張セキュリティを有効にするのチェックをはずしどうかと

改善ない場合は、信頼性管理マネージャーのWEBサイトのアクセス欄＞設定の変更ボタンを押し

WEBサイト欄にサイト名が記載されていたら、すべて削除してどうかを見てみていただければと存じます。