PDFの印刷をすると設定どおりの用紙に印刷されない

違う用紙サイズ　や　違うトレイの用紙から出ちゃうのは
OSのプリンタ設定『プリセット』を参照しているから？かな？あるあるなのは

 
デフォルトにするか
意図する用紙サイズのプリセット作っておくといいですよ
macOS14の『ページ設定』の不具合で用紙選択できないですが
プリンタからのプリンタプリセットを利用すれば意図する用紙余白が反映されます

余談

キャノンのプリンタはPPDプリンタ設定ファイルの
『HWMargins』が0になっている機種が多いので
カスタム用紙設定する場合は注意してください

（3222の場合オーバーサイズ用紙の場合は余白０が可能ですが通常用紙の場合余白は11.339pt約4mmです）

参考まで

CANON複合機は使ったことがないので憶測ですが、

対処１：データーがA4なら、ページサイズ処理の設定を「実際のサイズ」を選択して「PDFページサイズに合わせて用紙の選択」のチェックを外す。

対処2：用紙トレイを選択できるのなら、A4用紙が入っているトレイを選択する。

対処3：カスタム用紙設定でA4サイズの用紙を作って使用する。

対処4：PDFを開くことができる別のアプリケーションで印刷する。

思いつくのは以上です。

OSバージョンは何でしょうか。

もしmacOS 14.4/14.4.1の場合、プリント周りに不具合があるようなので、その影響かもしれません。

OS絡みなので現状だとアップデートを待つことになると思います。