PDFの注釈が制限されているPDFについて

おそらくですが、セキュリティ設定がなされ、そこで注釈が許可されていないものだと思います。

下記のように、Readerで開いた後にプロパティを確認してみるとそれがわかると思います。

これを解除するためには、製品版Acrobatで開き、セキュリティを解除する方法にはなりますが、

解除する手段は作成者に確認する必要がある、ということになります。

作成者に連絡ができる場合、逆に権限を変更したPDF作成を依頼することもできてしまうわけなので、

まずはそのような依頼ができるかどうか、というところからの話になってきます。