PDFを作成すると、線が異なってしまったり、文字間隔が大きくなったりしてしまう

点線の太さが変わることに関しては、PDF書き出しの際の解像度設定に影響されたはずです。

akatsuki_pocket様の言われているように「高品質印刷」などを設定しても思い通りの太さにならなかった場合は、

「印刷」から「AdobePDF」を選べば「詳細設定」内にて解像度設定をいじれる場所があるはずですので、そちらの設定を変えて試行してみてください。

書き出し設定（ACROBATタブの環境設定→PDF設定）は何になっていますか？

「最小ファイルサイズ」の場合、フォントが埋め込まれません。

「標準」もしくは「高品質印刷」に設定を変更してみてください。