PDF変換するときに「PDF/A-1a 2005に準拠しているファイルを作成」にチェックを入れた場合と入れない場合で、どんな違いがありますでしょうか。

かなりざっくりとした質問なので難しいところもあるのですが、

単純に言えば「PDF/A-1a 2005規格に準拠するかどうか」です。

PDF/A自体は長期保存形式用のデータになっています。

Acrobat製品で作成する場合は、PDF設定（joboptions）での設定を基準にしますが、

Office製品でAdobe PDFアドオン経由で行う場合はその設定が用意されているものがあります。

PDF/Aとは何か、という解説だけで言えば、アンテナハウスさんの解説が詳しいです。

（AcrobatのヘルプではISO参照になっていることから直接確認できないので）

PDF/Aとはなにか | アンテナハウス PDF資料室

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