PDF本文中の単語をコピーして、メモ帳に貼り付けると、□□□に文字化けします。

PDFの場合、表側に見える「文字列的な字形の見た目」と「裏で持っているテキストの文字コード」が必ずしも一致するわけではありません。

アウトライン化された図形やビットマップ化された画像であればもちろんテキスト自体を持ちませんが、生成された元アプリケーションや生成方法次第では、まったくことなるエンコード処理を行うことは往々にしてあります。

この場合はPDFそのものでは解決することはできず、作成元に確認し、テキストが生きるようなPDFの生成を依頼するしかありません。

ただし元アプリケーションと生成方法次第でしかないので、その仕組み次第では生成できない可能性も十分にありえます。

なお、PDFはPDFファイル自体で単体完結しているものでもあるので、テキストの抽出は確実性があるものではないことを踏まえた運用が必要、ともいえます。