アプリケーションでのトリミングができなくなった

ですね。その動作だと「ページボックスを設定」ツールではないでしょうか。

アイコンにカーソルをかざすとツールヒントが出ますが，どちらが表示されますか？　画像の左が「PDFを編集」のトリミングツール，右が「印刷工程」のページボックスを設定ツールです。

ちなみに，その部分（クイックツール）はカスタマイズできるので，変更したい場合は画像の楕円あたりを右クリックしてみてください。