イラレで白塗りボックスで隠してもうっすら見えてしまう

Illustrator時点でオーバープリントプレビュー等の確認はしていないのでしょうか。

通常表示では必ずしも印刷結果の状態を反映しているわけではないためです。

またPDF/X-4での確認もしたほうがいいでしょう。

そのうえでAcrobat Proの分割・統合プレビューでも確認した方がいいのではないかと思います。

本当に透明処理がなければそこでもハイライト表示の影響は受けないはずです。

ところで2019で停止している理由は何でしょう。

個人版ではすでに提供しておらず、再インストールができないことを考えての運用をした方がいいのではないかと思います。

ふつうに考えると「隠した文字が一部分だけうっすら見える」ことはなさそうなのですが，再現性はありますか？

Acrobatのバージョン，OSのバージョン情報と，「一部分だけうっすら見える」状態がどのようなものなのかがわかりにくいので、スクリーンショットがあるとよいと思いました。