パワーポイントをPDF化すると、pngロゴの透明背景に色が着きます。

わりと簡単に色々試せるならば、ロゴのpngを何種類か別の形式にしてみてはどうですか？

それはAcrobatとは関係ないですね。
「ファイル」からだと
名前を付けて保存→PDF(*.pdf)　←これはOfficeの機能
Adobe PDFとして保存　←これはAcrobatの機能
エクスポート→Adobe PDF を作成　←これはAcrobatの機能
エクスポート→PDF/XPS ドキュメントの作成　←これはOfficeの機能

Acrobatタブから「PDFを作成」　←これはAcrobatの機能

ややこしいですがこういうことになっており、今回「PDF/XPS ドキュメントの作成」ということなのでAcrobatは無関係です。

それはともかく、原因を切り分けるためにも一度Adobe PDFを使用した場合で改善がみられるかどうかは確認した方がよいです。

Adobe PDFで改善される場合はMicrosoftのPDFドライバの問題、改善されなければMicrosoft Office側での問題ということになります。

さっそくご回答くださった方々、誠にありがとうございます。

お返事が遅れて申し訳ございません。

［環境］

・PC：Windows10

・アプリケーション：Microsoft 365 Apps for enterprise

・プリンター：Canon iR-ADV C5750F　※高品質印刷「DTP」にしても駄目でした

・PDF化した際の操作：エクスポート→PDF/XPFドキュメントの作成（標準）

※事業部共通のパワーポイントフォーマットで今回の不具合が起きました。

　従業員全員がAdobeを使えるわけではないので、Adobe PDFではなく通常のPDFで作成しております。

度々恐縮ですが、引き続き何卒よろしくお願い申し上げます。

PDFファイル自体の『作り』の問題の場合もあるんですけど
だいたい
プリンタードライバーを最新のものにすると治ったり…したり…する…かも…
です♪
しらんけど…遠い目
OS Acrobatのバージョン　Microsoft Officeのバージョンに
お使いのプリンタ名なんかあったらもっと良いアドバイスが出てくるかも♪です
参考まで

PDFの生成方法はどのようにされているでしょうか。

また、印刷時に出てくるとなると、どのアプリケーションでどのような設定で、どのプリンター機種に印刷したのかも関わってきます。

できれば「アドビサポートコミュニティの使い方」にある、参考テンプレートなどを元にして、環境も記載される方がいいと思います。