プリフライトチェックでの透明効果

そもそもの、最終的なPDFの利用目的は何でしょうか。

通常であれば敢えて透明が含まれないようにする、ということも必要ではないですし、PDF1.6であれば透明自体は許容しますから、そのうえで透明を含めないだけの理由を明確にしなければなりません。

Ten Aさんが仰るような点もありますが、最終的な目的から通常は逆算して考えることになるので、やはり目的を明確にすることが必要になるところです。

まず、透過GIFを使うとダメです。PNGもそうですが、ソフトマスクとして特定色やアルファチャンネルを用いて透明部分を構成します。

Illustratorの場合、透明効果と呼ばれるぼかし処理やドロップシャドウの様な効果はラスタライズしない限りマスクされた状態でデータが生成されます。