プリンタからＳＤカードにスキャンした文書を、ＳＤカードから削除したいが、削除もフォーマットもできない

使用されているOSバージョン等や、SDカードの接続状態等も含む、具体的な状態が不明なのですが、

SDカードに保存されたファイルが消去できないなどの話でしょうか。

それであればAcrobatとはあまり関係のない話のように思います。

Acrobat＋スキャナーでスキャンして生成したPDFは、

プロテクトがかかっていないければSDカードに直接保存することもできるとは思いますが、

一旦ローカルドライブに保存してから、OSのファイル操作機能（エクスプローラーやFinderなど）で

SDカードにコピー等を行うこともできるはずですので、それらを試してはどうでしょうか。