プロセスブラックのみ抽出したい

データの使い方次第、というのはあるのですが、PostScriptファイルに書き出しを使い、その際に出力版を設定する、というのはどうでしょうか。

下記はWindows版＋旧UIでの手順です。（細かい点は省略してます）

• ファイルメニュー→書き出し形式→PostScriptを選ぶ
• 保存ダイアログが出たら「設定」ボタンを押す
• プリンター記述ファイルを適当なPSプリンタードライバー（Adobe PDFを含む）にする
• カラー→色の設定は「色分解」にする
• インキでプロセスブラック以外のプリンターアイコンをクリックする（斜線が入って出力されなくする）
• OKを押して保存ダイアログに戻り、適宜PSファイルを書き出す
• 書き出したPSファイルをAcrobat DistillerでPDFにする（ただしPDF/Xベースの設定は利用しない）

注意するべき点としては、PostScriptを経由するので、透明関連もすべてラスタライズ処理される、という点です。

使っていないデータならいいんですが、そうでないデータの場合は何かしらの影響は出るかもしれません。