リンクを一括で登録したい。

UI使っての設定は一つづつ手作業なんで、ちょっとアレですからJavaScriptとか使ってサラッとできれば良いんですけど、ストレートに設定できる様なメソッドやAPIはありません。また、Acrobat の検索機能には正規表現はありませんので、ページ上のテキストを抜き出して正規表現で捕まえた上でindex化し位置を取得してフォームのボタンを乗っけてhyperlink設定すると言う様な手順になるかと思いますけど、多分すごく手間です。出来るかどうかも分かりません。というか、それなりのお金出してもらってもあまりやりたくないです。というレベルの難易度になるように思います。

恐らくなんですが、PDFに書き出す前に対処可能なアプリケーションで組版やってPDF作成時にリンク込みで吐き出すのが本来のワークフローかと思います。