今まで正常に見れていたPDFが見れなくなった

assauseさんが書かれているとおりです。PDF文書自体に「開き方」を設定することもできるため，そちらが優先されている可能性もありますね。

常に同じ開き方をしたい場合は，文書に仕込まれた開き方を上書きできる設定項目（画像）がありますので，こちらをお好みの状態にしてみてください。

表示に関する基本的な設定でいえば、環境設定のページ表示にある「ズーム」の設定次第になるので、あらゆるファイルでとなるとこの設定が何か変わったということになると思います。

特定のファイルのみの場合、該当ファイルのプロパティを表示し、開き方タブにある「倍率」の設定がズームと同一になり、ファイルの設定のほうが優先されますので、そちらの確認をしてはどうでしょうか。