共有サーバ内のPDFが上書き保存できないPCとできるPCがある

環境設定の、信頼性管理マネージャーの設定が影響する場合はあったと思います。

そちらで許可設定を確認するといいのではないかと思います。

あとは、セキュリティ（拡張）の保護モードや拡張セキュリティでしょうか。

ただ、一般論としてですが、サーバ上のファイル操作については、アプリケーション側では通常はベストエフォートで扱われます。

サーバ側のOS状態、ファイルシステム、アクセスポリシーあたりも影響する点になるので、その点も踏まえて全体の確認は必要ではないかと思います。