フォントのマージ処理で問題が出ているように思います。

今回のPDF、Adobe製品から書き出されたものになっているでしょうか。

そうでない場合は元ファイルのPDF構造に問題がある可能性があり得る話にはなります。

その場合は単純にファイル結合できない場合があるので、処理が難しいところです。

ファイルを結合以外にも、ページサムネールでも結合はできるので、

そこで行ってみるなども検討をしてみることは想定されるところです。