「文書を比較」機能で、位置が異なる図の文字の違いを検出したい

Windows７

Acrobat　XI　Proです。

二枚のPDFにそれぞれ、サイズが同じで位置の異なる長方形の図があります。

（例）片方は左端、もう片方は右端

その図には文字が書かれていて、書式は同じですが文字が異なる箇所が数箇所あります。

それらの図の中の文字の違いを検出したいです。

図の位置を自動もしくは手動で調整して文字の違いを検出する方法や

長方形の部分だけを取り出して比較する方法

その他の解決策（Acrobat以外でも構いません）

をどなたか教えていただけませんでしょうか？

よろしくお願いいたします。