”自動的にアップデートをインストールする”に勝手にチェックが入る。

リリースノートの履歴とお使いのバージョン（2015.006.30306）を比較する限りは

ここ最近のアップデータ自体が一切適用されていないので、

環境設定情報がおかしくなった、くらいしか考えにくいところです。

Release Notes | Adobe Acrobat, Reader

環境設定自体は設定ファイルやレジストリに含まれるものになるので、

Acrobat以外の要因によって変更・破損に至る可能性もゼロではないので、

そこでの影響ではないかと想定されるところです。

逆を返せば、4月以降ずっとアップデートなされていないわけですから、

現状ではセキュリティ面で問題のある環境と言わざるを得ない状態でもあります。

速やかにアップデータの適用をなされることをおすすめします。