複数のPDFファイルにセキュリティ設定を行いたい

Acrobat 9であればバッチ機能でできるとは思うのですが、

Standardでこの機能が使えたかどうか、という話にもなってきます。

公開されているユーザーズガイドを確認する限りはPro版にしか記載がないので、

Standardでは利用できない範疇だと思います。

http://help.adobe.com/archive/ja_JP/acrobat/9/professional/acrobat_pro_9.0_help.pdf

http://help.adobe.com/archive/ja_JP/acrobat/9/standard/acrobat_standard_9.0_help.pdf

もし意図することを現時点で行いたい、ということになった場合は、

Acrobat Pro DCサブスクリプションの新規契約をするか、Acrobat 2017永続ライセンスの新規購入をしたうえで、

アクションを使っての処理を行うことになります。

アクションの使用および作成方法 （Acrobat DC）

なお、いずれにおいても、Acrobat 9からのアップグレードプランというものはありません。

Acrobatの永続ライセンスについては2バージョン前からしかアップグレードができないことと、

サブスクリプションについては永続ライセンスからのアップグレードプランが用意されていないためです。

あわせて、Acrobat 9自体は既にゴールドサポートも終了しているので、セキュリティ面でも不安があるうえで、

既にアップデータ類はWebからの公開は終了している状態になっています。