黒塗りがうまくできません、領域指定の黒塗りのやり方を教えてほしいです

「墨消し」は消去したい文字や画像を選択して削除する機能です。

ですので選択した時点で選択範囲がガタガタしていても、削除するエリアを指定しているだけでなので、墨消しを実行すれば問題なく削除されます。

あと、念のための確認ですが……

「すべてのツール」→「PDFを編集」→「PDFを墨消し」を使っていますよね？

違うツールでは墨消しにならないのでご注意を（ガタガタになる、とのことでちょっと気になりました）。

ドラッグで範囲選択したいのに文字カーソルになってしまって四角く選択できないということかしら…？

だとしたら，ctrlキーを押しながらエリアをドラッグだと思います（macOSだとたぶん⌘キー）。