使いづらい

Sedgeさんと同様に、わたしもそのような状態は経験ありません。
どのような手順で作業されているのか説明いただけたら色々検証できると思います。
質問時に書かれた方が良いことは、このページ右側に表示されている「アドビサポートコミュニティの使い方」のところを開くとリンクがありますので参考にしてください。

はじめまして。

• ファイルが勝手に分割されファイル数が増える
• それらを開くとおかしなデータになっている
• （ファイルを？）一括削除したくてもできない
  

とのことですが、私が使用している状態だと上記2つは経験がありませんので、

どういう状態で起こるのか、どういった状態になっているのかをもう少し詳細にご説明いただけますか？

また、（ファイルが？）一括削除できない、についてはチェックを入れていくと下方にボーダーが出て「削除」アイコンが出てくるのですが、そちらで削除できないでしょうか？
※画面の大きさによっては三点リーダーに入っています。