保護された領域がオンのコンポジションマーカーを大量に使うと、タイムラインの表示がバグる

情報ありがとうございます。

v25は新しいユーザーインターフェイスに変わったので、発見されていない問題があるかもしれません。
環境設定のリセットまたは、環境設定フォルダーの再作成を実行して症状が出るか確認してみてはどうでしょう。
After Effects再起動時に以前の環境を「移行しない」を選択して下さい。
おかしいなと思ったら（Windows 版 After Effects CC） 

GPUアクセラレーションに関連しているので、GPUドライバーの更新も試してはどうでしょう。

改善しない場合は、ベータ版もテストした方が良いと思います。