100GBのストレージの使い方がよくわからない

たしかにわかりにくい表現ですね。わたしの運用では、

• 編集作業は別のフォルダで
• 他の端末で作業を引き継ぐ場合はCerative Cloud Filesにフォルダごとコピー
• 念の為Webインターフェース上にアップロードされていることを確認
• 別端末を起動しCCデスクトップアプリケーションが同期を完了するのを待つ
• 対象フォルダを別の場所にコピーして作業を始める

といった手順で作業します。
InDesign等の場合、リンクファイルなどを調整しなかった場合はinddファイルだけCerative Cloud Filesへ上書きしたりもしますが、コピーして作業を行う場合データ管理に注意を払わないとデータを古いものに戻してしまったりとトラブルになったりしかねないので注意が必要です。
そういった観点においては、ネットワーク負荷には目をつぶってCerative Cloud Files上で処理してしまうというのもありだと思います。

いずれにしろ、ご自身のワークフローに適合する利用方法を熟考されるとよいでしょう。