複数メインバージョンがインストールされている場合削除していいのか

基本的にはTen A さんの仰ることでいいとは思いますが、ちょっと細かい点として。

Media Encoderについては、自分の認識が間違ってなければ、ですが、同じ年リリースのアプリとセットでの動作じゃなかったかと思います。

よって、たとえばですが「After Effects 2025を残すなら、Media Encoderについても2025は残さないといけない」ということになると思います。

複数バージョンを保持する事のメリットは

●そのバージョンでしか動かないプラグインを利用したいが最新バージョンも使いたい。
●クライアントが利用するバージョンに合わせて複数のバージョンを使い分ける必要がある。
●最新のバージョンは使いたいが、バグが心配なので仕事では安定した古いバージョンを使いたい。

などの事情によるものです。

ご自身に特段の事情が無ければ好みのバージョンを利用してよいです。
各バージョンはそれぞれ独立していて1つをアンインストールしたからと言って他のものには影響しませんのでご安心を。

また、再インストールは直近の２バージョンのみ可能で、それ以前のものは再インストール出来ませんのでご注意を。