IllustratorでCIDフォントを別のOTFフォントに置き換える方法はありますか？

わたしもざっと検証してみました。その感触というか想像で少し書きます。

概ねmonokanoさんが書かれているとおりなのですが，Win10/AI 22.1，26.5 ではデフォルト形式で保存しても「更新」で消失したので，バージョンダウン保存は関係ないように思います。

どうやらレガシーテキストを含むドキュメントを，最近（CC2018以降で確認しました）のIllustratorで「開いて保存」を２回以上行い，３回目以降に開いたときにレガシーテキストの更新でオブジェクトごと消えてしまうようです。

２回目の保存でテキスト情報（フォント名やフォントサイズなど？）が消失して，表示されているフォントのアウトライン情報のみになってしまう，といった感じでしょうか。

ちなみに，MacOS10.6.8/AI CS5 では，保存を何回繰り返しても消えてしまうようなことにはなりませんでした。また，CIDフォントだからというわけでもなさそうです。検証につかったAIファイル（MacOS10.4/AI v10，拡張子を手動で .pdf にしています）をご参考までに添付いたします。

今回の場合，「現状、思いつく方法はPDF変換してIllustratorで開いて、１文字ずつ途切れたテキストをカット＆ペーストでつなぐ」という方法は，AI 26.x で開いたときにはすでにフォントが置き換わっているはずなので，適切ではないと思います。AI CS4 の .ai ファイルをそのまま下絵として使う，Acrobatで開いてテキスト抽出して使うほうがよいと思いました。