【2色印刷】イラスト素材の保存形式について

Illustratorのドキュメントを他のアプリケーションに配置する際の保存形式についてですが、簡単に言ってしまえばEPS形式は保存する際のオプションがデフォルトのままでは今（と言っても2000年以降ですが）の印刷ワークフローに適していないので毎回変更する手間があります。ai形式はデフォルトのままで大丈夫ですのでこちらの方が制作する側にとっても扱いやすいでしょう。
蛇足かもしれませんがEPS形式を使う場合の注意点として、Illustrator上で白のオーバプリントがある（CC以降はデフォルトで破棄する設定になっているので変えない限り）場合、InDesignに配置してPDFを書き出すとその部分は変換されて「None」状態の白のオーバープリントとなります。これは出力時に解除できません。また、透明効果の影響を受ける画像があると強制的に分割されますが、画像を埋め込んだとしてもズレが生じる事もあります。

これらの事から考えても、もはや生ける屍のようなEPS形式を使うのではなくai形式を使われる方が良いでしょう。ただし、指定がある場合はそちらに従ってください。