Base64 文字列から Image を作成できませんか？

一回デコードしてみればわかることですが、IDMLに埋め込まれた状態の画像のBase64部分というのはオリジナルの画像データそのものです。これをマークアップしてパースしドキュメント上のインスタンスとするのがIDMLの処理になります。
IDMLはドキュメントを構築するための構造ですからJavaScriptのDOMとは異なります。IDMLを手動でパースする事は可能ですが、IDMLに従ってDOM上でトレースする形になり直接インスタンスを抜き出すのではありません。

https://wwwimages.adobe.com/content/dam/acom/en/devnet/indesign/sdk/cs6/idml/idml-specification.pdf

Base64はバイナリデータのASCII化ですからまずはデコードして本来のバイナリデータを取得する必要があります。

function decB64(str) {
	var e = {};
	var i,k;
	var v = new Array();
	var r = '';
	var w = String.fromCharCode;
	var n = [[65,91],[97,123],[48,58],[43,44],[47,48]];

	for (z in n){
		for(i=n[z][0];i<n[z][1];i++){
			v.push(w(i));
			}
		}
	for(i=0;i<64;i++) e[v[i]]=i;
	for(i=0;i<str.length;i+=72){
		var b=0,c,x,l=0,o=str.substring(i,i+72);
         for(x=0;x<o.length;x++){
			c = e[o.charAt(x)];
			b = (b << 6) + c;
			l += 6;
			while(l>=8) r += w((b >>> (l -= 8)) % 256);
			}
		}
	return r;
	}

Base64文字列をこのような処理でバイナリに戻しファイルとして書き出します。書き出されたデータはオリジナルの画像データとなりますからそれをInDesignに配置処理すればよいでしょう。