CS6データ結合について

どちらもデータ結合そのものの問題ではなくて、InDesignとExcelの仕組みで解決できそうですね。

データ結合で流し込むデータ（雛形）を作る時点で、テキストそれぞれに段落スタイルを設定しておきましょう。そうすれば、後から当該スタイルの文字サイズをまとめて変更したいとなれば、スタイルの編集を行うことでまとめて変更できます。

マスターページはそういう用途のものではありませんので、InDesignの基本的な仕組みをまずご理解いただいたほうが、もっと効率的に作れると思います。

https://study-room.info/dtp/

こちらのサイトが体系的にまとまっていますのでオススメです。

0がなくなってしまうのは、Excelデータ上になければ、当然InDesignに流し込んでも同じです。

Excel側でセルの書式設定を「数値」ではなく「テキスト」などにして、適宜「0」を補っていただくほかないでしょう。