EPUB、固定レイアウト

固定レイアウトがInDesignで出力される場合、多くの問題が発生する可能性があります。その理由は非常に単純で、InDesignはレイアウト上の各オブジェクトに固有の座標を持たせ、そしてその座標やフォントは閲覧器上で異なる表現になります。その結果、出力された結果は簡単にめちゃくちゃになります。

現在、市場で販売されている固定レイアウトは実際には画像です。PDFを画像に変換し、それをSVGボックスで囲むことをお勧めします。これは比較的正しい方法です。さらに、ビューポートを介して画像が自動的にスケーリングされるため、これらの問題を処理する必要がありません。ただし、漫画などの書籍の場合、ドットが異なるデバイスでのスケーリングによってモアレパターンが発生する可能性があるため、ドットのロジックを最初に破壊することが最善です。

EPUBもKindleも素人なので単なる感想なんですが，いろいろと面倒そうですね…。

（参考）

Kindle パブリッシング・ガイドライン 

InDesignで作成したEPUBで電子書籍が出版できない  

TypekitフォントをKindleで表示する方法  

フォントの違いで文字重なりがあるとしたら、同じフォントを使ってEPUB内に同梱するしかないのですが、フォントのライセンス自体がEPUBへの利用不可能であれば、それはできません。

固定レイアウト型のEPUBの場合は、一番無難なのは全ページをビットマップにしてしまう方法になってしまうと思います。